აუდიტის დეპარტამენტის ფუნქციებია:
ა) (ამოღებულია - 18.03.2014, №80);
ბ) (ამოღებულია - 12.04.2013, №106);
გ) (ამოღებულია - 12.04. 2013, №106);
დ) (ამოღებულია - 18.03.2014, №80);
ე) კომპეტენციის ფარგლებში, გადასახადის გადამხდელთა მიმართ საგადასახადო კონტროლის ღონისძიებების (მათ შორის, გადამხდელის ინიციატივით) ორგანიზება და ჩატარება;
ე1 ) (ამოღებულია - 17.12.2019, №394) ;
ე2) (ამოღებულია - 17.12.2019, №394) ;
ვ) (ამოღებულია - 17.12.2019, №394) ;
ზ) საგადასახადო შემოწმებების მომზადების, ჩატარების და მათი შედეგების შეფასების სტანდარტების თაობაზე წინადადებების შემუშავება;
თ) კომპეტენციის ფარგლებში, უცხო სახელმწიფოების უფლებამოსილი ორგანოებიდან მიღებული საგადასახადო ინფორმაციის დამუშავება, ანალიზი და შესაბამის ადრესატამდე დაყვანა;
ი) კომპეტენციის ფარგლებში, კანონმდებლობის სრულყოფაზე წინადადებების მომზადება;
კ) კომპეტენციის ფარგლებში, გადასახადის გადამხდელის, მისი წარმომადგენლისა და სხვა დაინტერესებული პირის კორესპონდენციის განხილვა;
ლ) სამსახურის უფროსის ინდივიდუალური ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტით გათვალისწინებული სხვა უფლებამოსილებების განხორციელება;
მ) სამსახურის ხელმძღვანელობის ცალკეული დავალებებისა და მითითებების შესრულება.